大多數公司通過以下兩種方式之一向稅務局繳稅：銀行的網上繳稅服務，或者用扣帳卡在 My Business Account 網上繳付。
您的 CRA 帳戶號碼
每個稅種都有各自 15 位的帳戶號碼：9 位商業號碼加上稅種代碼。
| 稅種 | 帳戶號碼 |
|---|---|
| 公司所得稅 | 商業號碼 + RC0001 |
| GST/HST | 商業號碼 + RT0001 |
| 工資代扣稅款 | 商業號碼 + RP0001 |
方式一：銀行的網上繳稅服務
企業網上銀行一般都提供向稅務局繳稅的功能，有的在 Pay Bills 裏，有的是專門的繳稅服務（例如 TD 的 Tax Payment and Filing，每筆收取少量手續費）。這種方式一般沒有金額上限，但款項到達稅局需要 3 至 5 個工作日。
每種繳款第一次使用時先設置一次，之後每次繳款只需選擇繳款類型、填寫期間和金額。如銀行有每日限額，大額稅款可以分幾個工作日繳付。
公司所得稅（RC0001）
- 設置：選擇 Federal – Corporation tax (T2)，輸入「商業號碼 + RC0001」及財務年度開始日期。
- 繳款類型：
- Payment on filing（有的銀行叫 Balance due）：繳當年度的稅款餘額，在餘額截止日前或報稅時繳付；
- Instalment / Interim：預繳分期稅款；
- Amount owing / Arrears：收到評稅通知書後，補繳通知書上的欠款、罰款或利息。
- 期間結束日：填財務年度的最後一天，不是截止日。例如年結為 10 月 31 日，繳 2025 年度稅款填 2025-10-31，預繳 2026 年度分期稅款填 2026-10-31。
- 截止日：稅款餘額須在年結後 2 個月內繳清，很多加拿大人控制的私人公司（CCPC）為 3 個月。
工資代扣稅款（RP0001）
- 設置：按稅局通知中您的繳款類型，選擇 Federal payroll deductions 的 Regular / Quarterly、Threshold 1 或 Threshold 2，輸入「商業號碼 + RP0001」。
- 填寫：繳款所屬的發薪月份、本期工資總額、領薪人數及繳款金額。金額是代扣的 CPP、EI、所得稅，加上僱主承擔的 CPP 和 EI。
- 截止日：一般僱主（Regular）為次月 15 日；季度繳款（Quarterly）為季度結束後次月 15 日；Threshold 1、2 的期限更短，以稅局通知為準。
GST/HST（RT0001）
- 設置：選擇 GST/HST payment（GST-P），輸入「商業號碼 + RT0001」。不要選申報（filing / return）選項。
- 期間結束日：填申報期的最後一天，例如季度申報 2026-09-30、年度申報 2025-12-31。
- 金額：申報表第 109 行的應繳淨稅額。
- 截止日：月度和季度申報為申報期結束後 1 個月；年度申報為年度結束後 3 個月。
方式二：在 My Business Account 網上繳付
如果公司已開通 My Business Account，並有 Visa Debit 或 Debit Mastercard，可以在網上繳稅：
- 登錄 My Business Account，進入 GST/HST 或 Corporation income tax。
- 繳餘額選擇 View and pay account balance，繳分期款選擇 Calculate and pay instalment payment。
- 輸入期間結束日和金額，點擊 Proceed to pay。
- 用扣帳卡付款，並保留繳款收據。
這種方式不接受 Interac 扣帳卡，而且很多企業卡的網上支付限額只有幾千加元，繳費前請先確認。
其他方式
- 在 My Business Account 中設置預授權扣款
- 通過 PaySimply、Plastiq 等第三方服務商繳付（收取手續費）
- 憑二維碼到加拿大郵局現場繳費（收取服務費）
繳款後，過幾天在 My Business Account 中確認款項已計入正確的帳戶和期間。